| 研究机构所在学院 | 机构名称 | 负责人 |
| 发展规划研究中心 | 高等教育研究所 | 蔡三发 |
| 政治与国际关系学院 | 国际与公共事务研究院 | 夏立平 |
| 政治与国际关系学院 | 比较政治制度研究所 | 李渡 |
| 政治与国际关系学院 | 同济大学城市治理研究中心 | 谢岳 |
| 政治与国际关系学院 | 城乡社会发展研究所 | 朱伟珏 |
| 政治与国际关系学院 | 同济大学中国战略研究院 | 门洪华 |
| 政治与国际关系学院 | 政治发展与政党现代化研究所 | 周敏凯 |
| 职业技术教育学院 | 中德职业技能认证研究中心 | 王继平 |
| 职业技术教育学院 | 职业技术教育研究所 | 徐朔 |
| 职业技术教育学院 | 经济与教育研究所 | 冯晓 |
| 人文学院 | 欧洲文化研究院 | 孙周兴 |
| 人文学院 | 中国思想与文化研究院 | 柯小刚 |
| 人文学院 | 鲁迅研究中心 | 祝宇红 |
| 人文学院 | 文化产业规划与研究中心 | 万书元 |
| 人文学院 | 哲学心理学研究中心 | 居飞 |
| 德国研究中心 | 德国研究中心 | 董琦 |
| 外国语学院 | 德国问题研究所/欧洲联盟研究所 | 郑春荣 |
| 外国语学院 | 语言研究所 | 张德禄 |
| 外国语学院 | 文学研究所 | 吴建广 |
| 外国语学院 | 翻译研究所 | 陈琳 |
| 外国语学院 | 科技德语中心 | 朱建华 |
| 外国语学院 | 日本学研究所 | 蔡敦达 |
| 经济与管理学院 | 同济大学CIS策划研究中心 | 吴东明 |
| 经济与管理学院 | 同济大学城市基础设施开发与管理研究所 | 韩传峰 |
| 经济与管理学院 | 同济大学电子商务研究所 | 王洪伟 |
| 经济与管理学院 | 同济大学发展研究院 | 王其藩、任浩 |
| 经济与管理学院 | 同济大学房屋土地资源信息研究中心 | 施建刚 |
| 经济与管理学院 | 同济大学工程管理研究所 | 陈建国 |
| 经济与管理学院 | 同济大学金融衍生品研究所 | 黄运成 |
| 经济与管理学院 | 同济大学经济研究所 | 蔡茂森 |
| 经济与管理学院 | 同济大学经纬不动产研究院 | 霍佳震 |
| 经济与管理学院 | 同济大学上海期货研究院 | 陈伟忠 |
| 经济与管理学院 | 同济大学世界银行研究中心 | 彭运鄂 |
| 经济与管理学院 | 同济大学投资研究所 | 陈德棉 |
| 经济与管理学院 | 同济大学现代金融研究所 | 陈伟忠 |
| 经济与管理学院 | 同济大学中美商务研究中心 | 吴建伟 |
| 经济与管理学院 | 战略与财务研究所 | 雷星晖 |
| 经济与管理学院 | 组织与人力资源研究所 | 彭正龙 |
| 经济与管理学院 | 可持续发展与管理研究所 | 诸大建 |
| 经济与管理学院 | 财经与证券市场研究所 | 石建勋 |
| 经济与管理学院 | 城市发展与管理研究中心 | 诸大建 |
| 经济与管理学院 | 复杂工程管理研究院 | 乐云 |
| 经济与管理学院 | 管理系统工程和信息工程研究所 | 白庆华 |
| 经济与管理学院 | 全球创新中国创业研究所 | 斯晓夫 |
| 经济与管理学院 | 运筹与战略决策研究所 | 马卫民 |
| 经济与管理学院 | 资本市场与公司财务研究中心 | 白云霞 |
| 经济与管理学院 | 管理科学研究所 | 王效俐 |
| 法学院 | 经济政策与法律研究中心 | 孙效敏 |
| 马克思主义学院 | 科学发展研究所 | 郭强 |
| 马克思主义学院 | 邓小平与小康社会研究基地 | 李占才 |
| 马克思主义学院 | 中西道德比较研究所 | 邵龙宝 |
| 马克思主义学院 | 经济研究所 | 龚晓莹 |
| 马克思主义学院 | 欧洲马克思主义研究中心 | 丁晓强 |
| 国际文化交流学院 | 海外汉学研究中心 | 孙宜学 |
| 亚洲太平洋研究中心 | 蔡建国 |
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